Les programmes de doctorat offerts par l'UFS sont:
Doctorat en Agriculture et Biodiversité
Doctorat en Écologie et Conservation
Doctorat en Science de la propriété intellectuelle
Doctorat en Science et Ingénierie de matériels
Doctorat en Sciences de la santé
Doctorat en Sciences pharmaceutiques
Doctorat en Sciences physiologiques
Doctorat en Développement et Environnement