L'UFS offre 45 programmes de master et huit masters professionnels:
Programmes de master académique
Master en Agriculture et Biodiversité
Master en Anthropologie
Master en Archéologie
Master en Assistance sociale
Master en Biologie parasitaire
Master en Biotechnologie
Master en Chimie
Master en Communication
Master en Dentisterie
Master en Développement et Environnement
Master en Droit
Master en Écologie et Conservation
Master en Économie
Master en Éducation
Master en Éducation Physique
Master en Enseignement de Sciences et Mathématiques
Master en Géographie
Master en Géosciences et analyse de bassins versants
Master en Gestion d'entreprises
Master en Histoire
Master en Infirmerie
Master en Informatique
Master en Ingénierie chimique
Master en Ingénierie civile
Master en Ingénierie électrique
Master en Ingénierie et sciences environnementales
Master en Lettres
Master en Mathématiques
Master en Philosophie
Master en Physique
Master en Psychologie
Master en Ressources hydriques
Master en Sciences de l'Information et de la Comunnication
Master en Science de la propriété Intellectuelle
Master en Science de la religion
Master en Science et Ingénierie de matériels
Master en Science et Technologie alimentaire
Master en Sciences appliquées à la santé
Master en Sciences de la nutrition
Master en Sciences de la santé
Master en Sciences pharmaceutiques
Master en Sciences physiologiques
Master en Sociologie
Master en Zootechnie
Master interdisciplinaire en cinéma
Master interdisciplinaire en cultures populaires
Programmes de master professionnel
Développement régional et gestion d'entreprises locales
Enseignement d'Histoire
Enseignement de Physique
Lettres (Campus de São Cristóvão)
Lettres (Campus d'Itabaiana)
Mathématiques
Science de l'information
Sciences environnementales